Pagani a mis des moteurs mercedes pour une bonne raison: son modèle économique ne permet absolument pas de développer son propre moteur (cf ce qui est arrivé à TVR quand ils ont sorti leur L6 de 4.5L) et pour faire simple, il a bénéficié à l'époque de l'entregent de Juan Manuel Fangio, qui avait d'excellents contacts chez Mercedes et pour cause.
La première Zonda C12 avait le V12 6L 394ch de la S600 (années 90, W140), on ne parlait pas encore de gamme AMG à l'époque.
L'évolution de Pagani a suivi l'évolution de ce plus gros moteur mercedes, avec les versions AMG 7.0 et 7.3 dans les Zonda C12 S et Zonda F, avec vers la fin pas mal d'optimisations spéciales Pagani.
La fin de vie de ce moteur étant dicté par les normes d'émission, et Pagani s'est rabattu sur le V12 turbo, qui constitue l'actuel haut de gamme Mercedes AMG.